樹莓的根系為 多年生，也是無性繁殖的主要器官。紅樹莓的根系是以纖維網狀根生長在土壤上層，大約在土壤上層處，占根總量的70%，約20%在25.4厘米以下，根也可深入土層深處，主要根莖粗約0.6厘米。紅樹莓根系可以在任何部位產生出不定芽，不定芽萌發形成幼苗長出土壤表面，并生成初生莖幼苗。由根形成的不定芽可在秋季生出，而通常在春季長出地面。10月至翌年3月期間，是芽的形成期，但炎熱夏季不形成不定芽。